Laboratórium genomiky a prenatálnej diagnostiky

O laboratóriu

Laboratórium sa zameriava na analýzu biologického materiálu z pohľadu genetiky a epigenetiky. Okrem štandardných molekulárno-biologických metód, ako sú PCR a qPCR, laboratórium využíva aj moderné technológie, napríklad masívne paralelné sekvenovanie (next generation sequencing – NGS) a mikroarray.

Spolupráca s laboratóriom je žiadaná najmä pri realizácii projektov zameraných na detekciu vrodených a získaných bodových mutácií, infekčných ochorení, analýzu zloženia bakteriálnej mikroflóry, ako aj na skríning a detekciu genetických a epigenetických zmien pri onkologických ochoreniach a monitorovaní terapie.

Dosiahnuté výsledky umožňujú riešiť projekty orientované na personalizovanú, prediktívnu a preventívnu medicínu. Odborné skúsenosti vedecko-výskumných pracovníkov zároveň umožňujú poskytovanie konzultácií týkajúcich sa technológií a analýzy výsledkov.

V rámci neinvazívneho prenatálneho testovania laboratórium ponúkalo neinvazívne testovanie plodu z krvi matky, najmä na stanovenie RhD faktora a prítomnosti aneuploídií pomocou technológie NGS. Spracovanie dát viedlo k udeleniu európskeho patentu EP3447153A1.

Úzko spolupracujeme s Univerzitnou nemocnicou Martin, predovšetkým s klinickými pracoviskami zabezpečujúcimi liečebno-preventívnu starostlivosť v oblastiach onkológie, gynekológie, pediatrie, neurológie a hematológie.

            

Zamestnanci

  • Vedúca laboratória:
    Mgr. Veronika Holubeková, PhD.
    veronika.holubekova@uniba.sk
    043/9279651
  • Vedecko-výskumní pracovníci:
    doc. RNDr. Zuzana Danková, PhD.
    RNDr. Dana Dvorská, PhD. – MD
    Mgr. Veronika Holubeková, PhD.
    Mgr. Andrea Hornáková, PhD.
    Mgr. Andrea Kapinová, PhD.
    RNDr. Ivana Kašubová, PhD.
    RNDr. Zuzana Kolková, PhD.
    RNDr. Dušan Loderer, PhD.
    RNDr. Mária Škereňová, PhD.
  • Technik:
    Ing. Bc. Martin Petráš, PhD.

Izolácia nukleových kyselín

PCR/ qPCR/ RT-qPCR

Microarray technológia

Sekvenovanie

Fragmentová analýza

Izolácia nukleových kyselín

Izolácia nukleových kyselín (DNA, RNA, miRNA) patrí medzi kľúčové kroky pri štúdiu genetickej informácie a realizácii genetických, epigenetických a molekulových analýz. Laboratórium ponúka rôzne metódy izolácie a prípravy DNA, RNA a miRNA z biologických vzoriek, ako sú krv, krvná plazma, moč, čerstvé a FFPE tkanivo, ako aj z bunkových sterov (cervikálny, nazofaryngeálny – SARS-CoV-2, bukálny a iné).

Na extrakciu nukleových kyselín sa využívajú moderné technológie a komerčne dostupné súpravy, s dôrazom na vysokú čistotu a výťažnosť získaných nukleových kyselín. Extrahované DNA, RNA a miRNA sa následne používajú pri analýzach, ako sú Sangerovo sekvenovanie, NGS, mikroarray, qPCR, RT-qPCR, HRM, pyrosekvenovanie a ďalšie.

Spoľahlivá a efektívna izolácia nukleových kyselín umožňuje získavať presné a reprodukovateľné výsledky, čím prispieva k pokroku vo vedeckých aj medicínskych oblastiach.

Publikácie

  1. Lucansky V, Samec M, Burjanivova T, Lukacova E, Kolkova Z, Holubekova V, Turyova E, Hornakova A, Zaborsky T, Podlesniy P, Reizigova L, Dankova Z, Novakova E, Pecova R, Calkovska A, Halasova E. Comparison of the methods for isolation and detection of SARS-CoV-2 RNA in municipal wastewater. Front Public Health. 2023 Mar 7;11:1116636. doi: 10.3389/fpubh.2023.1116636.

PCR/ qPCR/ RT-qPCR

  • PCR


Polymerázová reťazová reakcia (PCR) je metóda, ktorá umožňuje rýchlu a efektívnu amplifikáciu špecifických úsekov DNA. Typický PCR cyklus prebieha v 25–35 opakovaniach, pričom v každom cykle dochádza k zdvojnásobeniu množstva cieľovej DNA. Toto exponenciálne množenie vedie k vytvoreniu miliónov až miliárd kópií daného DNA fragmentu. Výsledky amplifikácie sa analyzujú pomocou gélovej elektroforézy alebo Sangerovho sekvenovania. PCR prebieha v termálnych cykléroch Biometra Tone (Analytik Jena).

  • qPCR

PCR v reálnom čase (real-time PCR), známa aj ako kvantitatívna PCR (qPCR), je citlivá a špecifická metóda s rozsiahlym využitím. Amplifikovaná DNA je detegovaná prostredníctvom fluorescencie po každom cykle, čo umožňuje sledovanie amplifikácie v reálnom čase.

Laboratórium využíva dve detekčné stratégie:

  • Sekvenčne nešpecifické fluorescenčné farbivá (napr. SYBR Green),
  • Sekvenčne špecifické fluorescenčne značené próby (napr. TaqMan).

Fluorescenčný signál je zaznamenávaný softvérom zariadenia a kvantifikácia DNA prebieha na základe prahovej hodnoty Ct (threshold cycle), (Obrázok 1),  ktorá je nepriamo úmerná východiskovému množstvu templátovej DNA.

  • RT-qPCR

Reverzno-transkripčná polymerázová reťazová reakcia (RT-PCR) je technika, ktorá kombinuje reverznú transkripciu RNA na komplementárnu DNA (cDNA) a následnú PCR amplifikáciu. Používa sa predovšetkým na stanovenie množstva špecifickej RNA – či už pri analýze génovej expresie, alebo pri kvantifikácii vírusovej RNA v klinickom výskume, napríklad pri diagnostike SARS-CoV-2.

Ak sa amplifikácia uskutočňuje v reálnom čase, t. j. pomocou kvantitatívnej PCR, ide o metódu RT-qPCR (reverzno-transkripčná kvantitatívna PCR).

Vzhľadom na častý zmätok v označovaní rôznych variant PCR metód boli vypracované smernice MIQE (Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments) [1], ktoré stanovujú štandardizované odporúčania pre správne používanie skratiek a dokumentáciu experimentov (pozri Tabuľku 1).

Tabuľka 1. Nomenklatúra podľa MIQE guidelines [1].

Technika

Skratka

Polymerázová reťazová reakcia

PCR

Reverzne transkripčná polymerázová reťazová reakcia

RT-PCR

Polymerázová reťazová reakcia v reálnom čase

qPCR

Kombinovaná technika RT-PCR / qPCR

RT-qPCR / qRT-PCR

[1] Bustin SA, Benes V, Garson JA, et al. The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments. Clin Chem. 2009;55(4):611-22. doi: 10.1373/clinchem.2008.112797.

Využitie PCR/qPCR/ RT-qPCR v laboratóriu:

  • Relatívna a absolútna kvantifikácia génovej expresie
  • Kvantifikácia miRNA expresie
  • SNP genotyping
  • Detekcia mutácií
  • Presence/absence experimenty
    • detekcia prítomnosti patogénov v klinických vzorkách
    • prenatálna diagnostika – určenie pohlavia a Rh faktoru plodu z krvi matky

Prístrojové vybavenie: QuantStudio 5 (Applied Biosystems, Obrázok 2), QTower 3 (Analytik Jena), Biometra Tone (Analytik Jena).

Najvýznamnejšie publikácie

  1. Skerenova M, Cibulka M, Dankova Z, Holubekova V, Kolkova Z, Lucansky V, Dvorska D, Kapinova A, Krivosova M, Petras M, Baranovicova E, Baranova I, Novakova E, Liptak P, Banovcin P, Bobcakova A, Rosolanka R, Janickova M, Stanclova A, Gaspar L, Caprnda M, Prosecky R, Labudova M, Gabbasov Z, Rodrigo L, Kruzliak P, Lasabova Z, Matakova T, Halasova E. Host genetic variants associated with COVID-19 reconsidered in a Slovak cohort. Adv Med Sci. 2024 Mar;69(1):198-207. doi: 10.1016/j.advms.2024.03.007.
  2. Vargova D, Kolková Z, Dargaj J, Bris L, Luptak J, Dankova Z, Franova S, Svihra J, Slávik P, Sutovska M. Analysis of HIF-1α expression and genetic polymorphisms in human clear cell renal cell carcinoma. Pathol Oncol Res. 2024 Jan 11;29:1611444. doi: 10.3389/pore.2023.1611444.
  3. Holubekova V, Loderer D, Grendar M, Mikolajcik P, Kolkova Z, Turyova E, Kudelova E, Kalman M, Marcinek J, Miklusica J, Laca L, Lasabova Z. Differential gene expression of immunity and inflammation genes in colorectal cancer using targeted RNA sequencing. Front Oncol. 2023 Oct 5;13:1206482. doi: 10.3389/fonc.2023.1206482.
  4. Burjanivova T, Lukacova E, Lucansky V, Samec M, Podlesniy P, Kolkova Z, Reizigova L, Grendar M, Turyova E, Holubekova V, Malicherova B, Nosal V, Kasubova I, Dusenka R, Osinova D, Hosalova Matisova J, Dvorska D, Brany D, Dankova Z, Novakova E, Calkovska A, Halasova E. Sensitive SARS-CoV-2 detection, air travel Covid-19 testing, variant determination and fast direct PCR detection, using ddPCR and RT-qPCR methods. Acta Virol. 2023;67(1):3-12. doi: 10.4149/av_2023_101.
  5. Stančiaková L, Žolková J, Vadelová Ľ, Hornáková A, Kolková Z, Vážan M, Dobrotová M, Hollý P, Jedináková Z, Grendár M, Bolek T, Samoš M, Biringer K, Danko J, Burjanivová T, Lasabová Z, Kubisz P, Staško J. DNA Polymorphisms in Pregnant Women with Sticky Platelet Syndrome. J Clin Med. 2022 Nov 3;11(21):6532. doi: 10.3390/jcm11216532.
  6. Rokos T, Holubekova V, Kolkova Z, Hornakova A, Pribulova T, Kozubik E, Biringer K, Kudela E. Is the Physiological Composition of the Vaginal Microbiome Altered in High-Risk HPV Infection of the Uterine Cervix? Viruses. 2022 Sep 27;14(10):2130. doi: 10.3390/v14102130.
  7. Kudelova E, Holubekova V, Grendar M, Kolkova Z, Samec M, Vanova B, Mikolajcik P, Smolar M, Kudela E, Laca L, Lasabova Z. Circulating miRNA expression over the course of colorectal cancer treatment. Oncol Lett. 2022 Jan;23(1):18. doi: 10.3892/ol.2021.13136.
  8. Dankova Z, Novakova E, Skerenova M, Holubekova V, Lucansky V, Dvorska D, Brany D, Kolkova Z, Strnadel J, Mersakova S, Janikova K, Samec M, Pokusa M, Petras M, Sarlinova M, Kasubova I, Loderer D, Sadlonova V, Kompanikova J, Kotlebova N, Kompanikova A, Hrnciarova M, Stanclova A, Antosova M, Dzian A, Nosal V, Kocan I, Murgas D, Krkoska D, Calkovska A, Halasova E. Comparison of SARS-CoV-2 Detection by Rapid Antigen and by Three Commercial RT-qPCR Tests: A Study from Martin University Hospital in Slovakia. Int J Environ Res Public Health. 2021 Jul 1;18(13):7037. doi: 10.3390/ijerph18137037.
  9. Vojtková J, Kolková Z, Motyková K, Kostková M, Suroviaková S, Grendár M, Bánovčin P. An association between fibrinogen gene polymorphisms and diabetic peripheral neuropathy in young patients with type 1 diabetes. Mol Biol Rep. 2021 May;48(5):4397-4404. doi: 10.1007/s11033-021-06455-1.
  10. Kolkova Z, Holubekova V, Grendar M, Nachajova M, Zubor P, Pribulova T, Loderer D, Zigo I, Biringer K, Hornakova A. Association of Circulating miRNA Expression with Preeclampsia, Its Onset, and Severity. Diagnostics (Basel). 2021 Mar 8;11(3):476. doi: 10.3390/diagnostics11030476.
  11. Jašek K, Váňová B, Grendár M, Štanclová A, Szépe P, Hornáková A, Holubeková V, Plank L, Lasabová Z. BRAF mutations in KIT/PDGFRA positive gastrointestinal stromal tumours (GISTs): Is their frequency underestimated? Pathol Res Pract. 2020 Nov;216(11):153171. doi: 10.1016/j.prp.2020.153171.
  12. Snahnicanova Z, Kasubova I, Kalman M, Grendar M, Mikolajcik P, Gabonova E, Laca L, Caprnda M, Rodrigo L, Ciccocioppo R, Kruzliak P, Plank L, Lasabova Z. Genetic and epigenetic analysis of the beta-2-microglobulin gene in microsatellite instable colorectal cancer. Clin Exp Med. 2020 Feb;20(1):87-95. doi: 10.1007/s10238-019-00601-7.
  13. Holubekova V, Kolkova Z, Grendar M, Brany D, Dvorska D, Stastny I, Jagelkova M, Zelinova K, Samec M, Liskova A, Laucekova Z, Kudela E, Bobrovska M, Kalman M, Zubor P, Dankova Z. Pathway Analysis of Selected Circulating miRNAs in Plasma of Breast Cancer Patients: A Preliminary Study. Int J Mol Sci. 2020 Oct 2;21(19):7288. doi: 10.3390/ijms21197288.

Microarray technológia

Microarray technológia nachádza uplatnenie v širokom spektre aplikácií. Umožňuje stanovenie úrovne expresie veľkého počtu génov, genotypizáciu rôznych oblastí genómu, ako aj analýzu epigenetických zmien.

Metóda je založená na princípe hybridizácie – tvorbe komplexov medzi vzorkou a sekvenčne špecifickými sondami, ktoré sú imobilizované na povrchu sklíčka (Obrázok 3). Na jednom sklíčku môže byť fixovaných až niekoľko tisíc sond špecifických pre rôzne úseky DNA alebo RNA. Hybridizácia prebieha za prísne kontrolovaných podmienok v hybridizačnej piecke (Obrázok 4). Vzniknuté komplexy sonda–vzorka sú označené fluorofórom, čo umožňuje detekciu a kvantifikáciu cieľových molekúl na základe intenzity emitovaného fluorescenčného signálu. Detekcia sa vykonáva pomocou fluorescenčného skenera s vysokým rozlíšením, napr. SureScan Dx (Obrázok 5). Výstupom je grafický súbor vo formáte TIF, z ktorého sú dáta ďalej spracovávané pomocou softvéru Feature Extraction (Obrázok 6).

Microarray analýzy je možné realizovať na vzorkách tkanív, bunkových kultúr aj tekutej biopsie. Zároveň je možné navrhnúť vlastný dizajn čipov s variabilnou kapacitou, prispôsobený širokému spektru rastlinných a živočíšnych druhov.

Využitie microarray technológie v laboratóriu:

  • analýza expresie microRNA
  • analýza génovej expresie
  • analýza CGH+SNP

 

Prístrojové vybavenie:       SureScan Dx Microarray Scanner (Agilent)

                                                  Microarray Hybridization Oven

 

Softvérové vybavenie:      GeneSpring GX (Agilent)

                                                  Pathway Architect

CytoGenomics

                                                   Genomic Workbench

 

Najvýznamnejšie publikácie

…v procese prípravy sú momentálne tri publikácie

Sekvenovanie

1) Sekvenovanie novej generácie (NGS)

Sekvenovanie novej generácie (NGS – next generation sequencing), známe aj ako masívne paralelné sekvenovanie, umožňuje analýzu veľkého objemu dát v rámci jedného sekvenačného behu. Najčastejšie využívaným prístupom je metóda „sequencing by synthesis“ (SBS) od spoločnosti Illumina®. Princíp spočíva v inkorporácii fluorescenčne značených dNTP počas syntézy DNA, pričom každá pridaná báza je detegovaná pomocou excitácie fluorofóru.

Proces sekvenovania prebieha v niekoľkých krokoch:

  1. Príprava knižnice – Genomická DNA sa fragmentuje a následne sa k fragmentom pridávajú adaptérové sekvencie a indexy (na multiplexovanie).
  2. Tvorba klastrov – Jednovláknové fragmenty sa naviažu na povrch sklenenej platničky (flow cell) prostredníctvom adaptérov a následne sa amplifikujú metódou tzv. mostíkovej amplifikácie (bridge amplification).
  3. Sekvenovanie – Pomocou SBS technológie sa deteguje inkorporácia fluorescenčne značených báz do rastúceho DNA reťazca.
  4. Analýza dát – Primárna analýza (napr. generovanie súborov BCL, FASTQ a pod.) prebieha priamo v sekvenačnom prístroji. Na sekundárnu a terciárnu analýzu sa používajú preddefinované analytické „pipeline“, ktoré umožňujú interpretáciu výsledkov a ich finálne spracovanie (Obrázok 7).

NGS technológia sa uplatňuje v rôznych oblastiach molekulárnej biológie a medicíny, napríklad na: sekvenovanie malých genómov, exómové a cielené resekvenovanie, transkriptomiku (vrátane analýzy génovej expresie), sekvenovanie miRNA, metagenomické štúdie, Single Cell analýzy (sekvenovanie jednotlivých buniek).

Využitie NGS v laboratóriu:

  • panelové sekvenovanie (panely založené na amplikónoch využívajúce technológiu Ampliseq a panely založené na hybridizácii – TSO 500)
  • RNA sekvenovanie
  • Metagenómové sekvenovanie
  • celogenómové sekvenovanie s nízkym pokrytím (bolo využívané v prenatálnej diagnostike)
  • detekcia prítomnosti SARS Cov-2 v rôznych typoch vzoriek

Prístrojové vybavenie: NextSeq 550Dx (Illumina®, Obrázok 8) s produkciou dát 39 Gb – 120 Gb, v závislosti od dĺžky sekvenačných čítaní a použitých reagencií (Mid vs. High Output)

Publikácie

  1. Janíková K, Váňová B, Grendár M, Samec M, Loderer D, Kašubová I, Škereňová M, Farkašová A, Scheerová K, Slávik P, Lasabová Z, Danková Z, Strnádel J, Halašová E, Plank L. Small-scale variants and large deletions in BRCA1/2 genes in Slovak high-grade serous ovarian cancer. Pathol Res Pract. 2023 Jun;246:154475. doi: 10.1016/j.prp.2023.154475. Epub 2023 Apr 20. PMID: 37121054.
  2. Holubekova V, Loderer D, Grendar M, Mikolajcik P, Kolkova Z, Turyova E, Kudelova E, Kalman M, Marcinek J, Miklusica J, Laca L, Lasabova Z. Differential gene expression of immunity and inflammation genes in colorectal cancer using targeted RNA sequencing. Front Oncol. 2023 Oct 5;13:1206482. doi: 10.3389/fonc.2023.1206482. PMID: 37869102; PMCID: PMC10586664
  3. Rusňáková D, Sedláčková T, Radvák P, Böhmer M, Mišenko P, Budiš J, Bokorová S, Lipková N, Forgáčová-Jakúbková M, Sládeček T, Sitarčík J, Krampl W, Gažiová M, Kaliňáková A, Staroňová E, Tichá E, Vrábľová T, Ševčíková L, Kotvasová B, Maďarová L, Feiková S, Beňová K, Reizigová L, Onderková Z, Ondrušková D, Loderer D, Škereňová M, Danková Z, Janíková K, Halašová E, Nováková E, Turňa J, Szemes T. Systematic Genomic Surveillance of SARS-CoV-2 Virus on Illumina Sequencing Platforms in the Slovak Republic-One Year Experience. Viruses. 2022 Nov 2;14(11):2432. doi: 10.3390/v14112432. PMID: 36366530; PMCID: PMC9697771.
  4. Zahumenska R, Kalman M, Marcinek J, Mersakova S, Kertys M, Pindura M, Palkoci B, Kycina R, Vojtko M, Chromec T, Dumortier HM, Skovierova H, Novakova S, Mitruskova B, Kapralik I, Loderer D, Grendar M, Brany D, Mokry J, Bouvet M, Valasek MA, Janik J, Plank L, Laca L, Halasova E, Strnadel J. Establishment of PANDA – a new human pancreatic ductal adenocarcinoma cell line with 3D cell culture technology. Neoplasma. 2022 Jan;69(1):165-173. doi: 10.4149/neo_2021_210924N1360. Epub 2021 Nov 25. PMID: 34818028.
  5. Janíková K, Váňová B, Grendár M, Samec M, Líšková A, Loderer D, Kašubová I, Farkašová A, Scheerova K, Slávik P, Lasabová Z, Danková Z, Plank L. High-grade serous ovarian carcinoma and detection of inactivated BRCA genes from biopsy material of Slovak patients. Neoplasma. 2021 Sep;68(5):1107-1112. doi: 10.4149/neo_2021_210226N256. Epub 2021 Jul 14. PMID: 34263651.
  6. Mikolajcik P, Lasabova Z, Loderer D, Grendar M, Kalman M, Kasubova I, Lucansky V, Wiederhold AJ, Marcinek J, Burjanivova T, Kudelova E, Vojtko M, Svec A, Plank L, Janik J, Laca L. Detection of therapeutically relevant and concomitant rare somatic variants in colorectal cancer. Neoplasma. 2021 Nov;68(6):1331-1340. doi: 10.4149/neo_2021_210616N804. Epub 2021 Oct 10. PMID: 34641699.
  7. Simurda T, Zolkova J, Kolkova Z, Loderer D, Dobrotova M, Skornova I, Brunclíkova M, Grendar M, Lasabova Z, Stasko J, Kubisz P. Comparison of clinical phenotype with genetic and laboratory results in 31 patients with congenital dysfibrinogenemia in northern Slovakia. Int J Hematol. 2020 Jun;111(6):795-802. doi: 10.1007/s12185-020-02842-9. Epub 2020 Mar 12. PMID: 32166693.
  8. Grendár M, Loderer D, Laučeková Z, Švecová I, Hrtánková M, Hornáková A, Nagy B, Žúbor P, Lasabová Z, Danko J. Uncertainty of fetal fraction determination in Non-Invasive Prenatal Screening by highly polymorphic SNPs. J Biotechnol. 2019 Jun 20;299:32-36. doi: 10.1016/j.jbiotec.2019.04.020. Epub 2019 Apr 26. PMID: 31034863.
  9. Kašubová I, Kalman M, Jašek K, Burjanivová T, Malicherová B, Vaňochová A, Meršaková S, Lasabová Z, Plank L. Stratification of patients with colorectal cancer without the recorder family history. Oncology Letters. 17, č. 4 (2019), s. 3649-3656. ISSN 1792-1074

2) Sangerova metóda sekvenovania

Enzymatická metóda sekvenovania, známa aj ako dideoxysekvenácia, bola vyvinutá v 70. rokoch 20. storočia Frederikom Sangerom. Dodnes je považovaná za „zlatý štandard“ v molekulárnej biológii.

Princíp metódy spočíva v pridaní fluorescenčne značených dideoxynukleotidtrifosfátov (ddNTP: ddATP, ddTTP, ddCTP, ddGTP) spolu s neznačenými štandardnými deoxynukleotidtrifosfátmi (dNTP) do PCR reakčnej zmesi. Počas amplifikácie vzniká populácia DNA fragmentov rôznej dĺžky, pričom každý fragment je ukončený práve jedným fluorescenčne značeným ddNTP.

Takto vzniknuté fragmenty sú následne separované podľa veľkosti pomocou kapilárnej elektroforézy v tekutom polyméri. Pri prechode fragmentov cez kapiláru je fluorescenčný signál jednotlivých ddNTP detegovaný kamerou. Emitované žiarenie je zaznamenané a spracované softvérom do podoby výsledného elektroferogramu (Obrázok 9).

Využitie Sangerovho sekvenovania v laboratóriu:

  • detekcia bodových mutácií, malých inzercií a delécii, SNP
  • validácia výsledkov z NGS
  • sekvenovanie klonovaných fragmentov
  • detekcia a typizácia bakteriálnej a vírusovej DNA vo vzorkách

 

Prístrojové vybavenie: SeqStudio 8 Flex (Applied Biosystems, Obrázok 10).

 

Najvýznamnejšie publikácie

  1. Kolkova Z, Durdik P, Holubekova V, Durdikova A, Jesenak M, Banovcin P. Identification of a novel RPGRmutation associated with retinitis pigmentosa and primary ciliary dyskinesia in a Slovak family: a case report. Front Pediatr. 2024 Jan 25;12:1339664. doi: 10.3389/fped.2024.1339664. PMID: 38333087; PMCID: PMC10850321.
  2. Brndiarova M, Mraz M, Kolkova Z, Cisarik F, Banovcin P. Sensenbrenner Syndrome Presenting with Severe Anorexia, Failure to Thrive, Chronic Kidney Disease and Angel-Shaped Middle Phalanges in Two Siblings. Mol Syndromol. 2021 Jul;12(4):263-267. doi: 10.1159/000515645. Epub 2021 Jun 16. PMID: 34421506; PMCID: PMC8339521.
  3. Jašek K, Grendár M, Štanclová A, Malicherová B, Kašubová I, Burjanivová T, Szépe P, Ciccocioppo R, Rodrigo L, Prosecký R, Kružliak P, Plank L, Lasabová Z. Prevalence and significance of M541L singlenucleotide polymorphism in the central European cohort of gastrointestinal stromal tumor patients. Journal of cancer research and clinical oncology. Roč. 147, č. 4 (2021), s. 1203-1215.
  4. Simurda T, Vilar R, Zolkova J, Ceznerova E, Kolkova Z, Loderer D, Neerman-Arbez M, Casini A, Brunclikova M, Skornova I, Dobrotova M, Grendar M, Stasko J, Kubisz P. A Novel Nonsense Mutation in FGB(c.1421G>A; p.Trp474Ter) in the Beta Chain of Fibrinogen Causing Hypofibrinogenemia with Bleeding Phenotype. Biomedicines. 2020 Dec 13;8(12):605. doi: 10.3390/biomedicines8120605. PMID: 33322159; PMCID: PMC7763967.
  5. Bystrický P, Kašubová I, Richterová R, Lasabová Z, Kolarovszki B. Quantitative analysisof 2-hydroxyglutarate as a controversial oncometabolite in malignant gliomas. Neoplasma. Roč. 67, č. 6 (2020), s. 1367-1372. ISSN 0028-2685
  6. Snahnicanova Z, Kasubova I, Kalman M, Grendar M, Mikolajcik P, Gabonova E, Laca L, Caprnda M, Rodrigo L, Ciccocioppo R, Kruzliak P, Plank L, Lasabova Z. Genetic and epigenetic analysis of the beta-2-microglobulin gene in microsatellite instable colorectal cancer. Clin Exp Med. 2020 Feb;20(1):87-95. doi: 10.1007/s10238-019-00601-7. Epub 2019 Dec 18. PMID: 31853669.
  7. Malicherová B, Burjanivová T, Minariková E, Kašubová I, Hurtová T, Bobrovská M, Homola I, Lasabová Z, Plank L. Detection of driver mutations in FFPE samples from patients with verified malignant melanoma. Neoplasma. Roč. 66, č. 1 (2019), s. 33-38. ISSN 0028-2685
  8. Fecková B, Kimáková P, Ilkovičová L, Szentpéteriová E, Macejová M, Košuth J, Zulli A, Debeljak N, Hudler P, Jašek K, Kašubová I, Kubatka P, Solár P. Methylation of the first exon in the erythropoietin receptor gene does notcorrelate with its mRNA and protein level in cancer cells. BMC Genetics. Roč. 20, č. 1 (2019), s. 1-9 .
  9. Lasabová, Zora, Kalman, Michal, Holubeková, Veronika, Grendár, Marián, Kašubová, Ivana, Jašek, Karin, Meršaková, Sandra, Malicherová, Bibiana, Baranenko, Denis, Adamek, Mariusz, Kružliak, Peter, Plank, Lukáš. Mutation analysis of POLE genein patients with early-onset colorectal cancer revealed a rare silent variant within the endonuclease domain with potential effect on splicing. Clinical and Experimental Medicine. Roč. 19, č. 3 (2019), s. 393-400.
  10. Váňová B, Kalman M, Jašek K, Kašubová I, Burjanivová T, Farkašová A, Kružliak P, Büsselberg D, Plank L, Lasabová Z. Droplet digital PCR revealed high concordance between primary tumors and lymph node metastases inmultiplex screening of KRAS mutations in colorectal cancer. Clinical and Experimental Medicine. Roč. 19, č. 2 (2019), s. 219-224.

3) Pyrosekvenovanie

Pyrosekvenovanie patrí medzi prvé technológie sekvenovania novej generácie (NGS), ktoré sú založené na princípe „sekvenovania syntézou“. Detekcia prebieha luminometricky na základe uvoľnenia pyrofosfátu (PPi) počas polymerizácie DNA. Templátová DNA je najprv upravená bisulfidovou konverziou pomocou bisulfidu sodného a následne amplifikovaná pomocou PCR. Jeden z použitých primerov je na svojom 5’ konci označený biotínom, čo umožňuje selektívnu izoláciu PCR produktov. Biotinylované amplikóny sa v ďalšom kroku naviažu na streptavidínovo-sefarózové guličky, čím sa pripravia na sekvenovanie v pyrosekvenačnom zariadení.

Na návrh primerov pre pyrosekvenovanie používame softvér PyroMark Assay Design 2.0 (Qiagen, Nemecko). Výsledné údaje sú vizualizované vo forme pyrogramu (Obrázok 11), ktorý je následne analyzovaný v špecializovanom softvéri dodávanom k prístroju.

Využitie pyrosekvenovania v laboratóriu:

  • Analýza hladiny metylácie DNA na CpG aj non-CpG miestach
  • Analýza SNP, inzercie a delécií v krátkych úsekoch DNA
  • De novo sekvenácia krátkych úsekov DNA

 

Prístrojové vybavenie: PyroMark Q48 Autoprep (QIAGEN), Obrázok 12.

Najvýznamnejšie publikácie

  1. Holubekova V, Mersakova S, Grendar M, Snahnicanova Z, Kudela E, Kalman M, Lasabova Z, Danko J, Zubor P. The Role of CADM1 and MAL Promoter Methylation in Inflammation and Cervical Intraepithelial Neoplasia. Genet Test Mol Biomarkers. 2020;24(5):256-263. doi: 10.1089/gtmb.2019.0188.
  2. Danková Z, Braný D, Dvorská D, Ňachajová M, Fiolka R, Grendár M, Hatok J, Kubatka P, Holubeková V, Halašová E, Bielik T, Žúbor P. Methylation status of KLF4 and HS3ST2 genes as predictors of endometrial cancer and hyperplastic endometrial lesions. Int J Mol Med. 2018 Dec;42(6):3318-3328. doi: 10.3892/ijmm.2018.3872.

Fragmentová analýza

Fragmentová analýza (FA) slúži na určenie veľkosti DNA fragmentov získaných PCR amplifikáciou. Izolovaná DNA je amplifikovaná multiplexnou PCR, pri ktorej sú novo syntetizované DNA fragmenty označené fluorescenčnými farbivami. Fluorescenčne značené PCR produkty následne migrujú počas kapilárnej elektroforézy v tekutom polyméri na základe ich veľkosti. Detegovaný fluorescenčný signál je zaznamenaný softvérom prístroja a následne vyhodnotený v špecializovanom analytickom softvéri, ako napríklad GeneMapper (Obrázok 13).

Fragmentová analýza sa využíva aj ako súčasť metódy Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA), ktorá slúži na detekciu relatívneho počtu kópií špecifických sekvencií. MLPA sa uplatňuje napríklad pri testovaní prítomnosti mutácií BRCA1 a BRCA2 u pacientov s podozrením na dedičnú rakovinu prsníka a vaječníkov, alebo u pacientov s potvrdenou diagnózou.

Bežnou modifikáciou tejto metódy je metylačne špecifická MLPA (MS-MLPA) (Obrázok 14), ktorá umožňuje nielen detekciu metylačného statusu vybraných promótorových oblastí génov, ale aj detekciu variácií v počte kópií (CNV).

FA sa využíva aj v prenatálnej diagnostike na detekciu chromozómových aneuploídií. Je súčasťou diagnostických testov založených na kvantitatívnej fluorescenčnej PCR (QF-PCR), ktoré slúžia na rýchlu detekciu trizómií chromozómov 13, 18, 21, X a Y (Obrázok 15).

Aktuálne využitie fragmentovej analýzy v laboratóriu:

  • identifikácia mikrosatelitnej nestability (MSI – microsatelite instability), t.j. zmeny dĺžky mikrosatelitov, ktorá je spôsobená inzerciou alebo deléciou repetitívnych sekvencií.

 

Prístrojové vybavenie: SeqStudio 8 Flex (Applied Biosystems, Obrázok 10).

 

Najvýznamnejšie publikácie

  1. Kašubová I, Kalman M, Jašek K, Burjanivová T, Malicherová B, Vaňochová A, Meršaková S, Lasabová Z, Plank L: Stratification of patients with colorectal cancer without the recorder family history. Oncology Letters 2019;17(4):3649-3656. ISSN (print) 1792-1074
  2. Kolková Zuzana, Kašubová Ivana, Kalman Michal, Grendár Marián, Mikolajčík Peter, Kúdelová Eva, Laca Ľudovít, Čaprnda Martin, Rodrigo Luis, Ciccocioppo Rachele, Kružliak Peter, Plank Lukáš, Lasabová Zora: Genetic and epigenetic analysis of the beta-2-microglobulin gene in microsatellite instable colorectal cancer. Clinical and Experimental Medicine 2020; 20 (1):87-95. ISSN 1591-8890

Baranová I, Samec M, Dvorská D, Šťastný I, Janíková K, Kašubová I, Hornáková A, Lukáčová E, Kapinová A, Biringer K, Halašová E, Danková Z. Droplet digital PCR analysis of CDH13 methylation status in Slovak women with invasive ductal breast cancer. Sci Rep. 2024 Jun 26;14(1):14700. doi: 10.1038/s41598-024-65580-6.

Videoprehliadka

Pozrite si videoprehliadku nášho Laboratória genomiky a prenatálnej diagnostiky.

Infraštruktúra laboratória

Laboratórium disponuje moderným prístrojovým vybavením, ktoré umožňuje výber vhodnej molekulárno-biologickej metódy podľa potrieb prebiehajúceho výskumu a požadovaných analýz.

Hlavné prístroje: NextSeq 550 Dx (Illumina), SeqStudio 8 Flex (Applied Biosystems), QuantStudio 5  (Applied Biosystems), Q-Tower 3 G (Analytik-Jena) a PyroMark Q48 Autoprep (Qiagen).

Pomocné prístroje: Bioanalyser 2100 (Agilent), Biometra Tone (Analytik-jena), Focused ultrasonicator ML230 (Covaris), Qubit 4 fluorometer (Thermo Fisher Scientific), NanoDropTM OneC Microvolume UV-Vis Spectrophotometers (Thermo Scientific) a iné.

 

V spolupráci s Ústavom molekulovej biológie a genomiky JLF UK využívame aj ďalšie prístrojové vybavenie, ako SureScan Dx Microarray Scanner (Agilent), Droplet Digital PCR System (Bio-Rad) a LightCycler 480 II (Roche).

Virtuálna prehliadka

Predstavujeme vám virtuálnu prehliadku nášho moderného Laboratória genomiky a prenatálnej diagnostiky.

Riešené projekty

a) Projekty spolufinancované zo zdrojov EÚ:

09I03-03-V04-00228, Epigenetické zmeny pri rozvoji rakoviny krčka maternice, Zodp. riešiteľ: Mgr. Veronika Holubeková, PhD. (Výzva: Štipendiá pre excelentných výskumníkov a výskumníčky R2-R4)

SPEnCER – 313011BWX6 „Výskum spektroskopických metód na včasnú, neinvazívnu real-time identifikáciu vybraných ochorení z kondenzátu plynov uvoľňovaných pľúcami a kožou“

ITMS 313011AUA4: Nové možnosti laboratórnej diagnostiky a masívneho skríningu SARS-Cov-2 a identifikácia mechanizmov správania sa vírusu v ľudskom organizme. Operačný program Integrovaná infraštruktúra. CovLab.

ITMS 310031AMR7: Ministerstvom zdravotníctva SR riadený manažment mimoriadnych udalostí súvisiacich s COVID-19. Operačný program: Kvalita životného prostredia 2014 – 2020.

ITMS: 313011AFG5: Systémová verejná výskumná infraštruktúra – biobanka pre nádorové a zriedkavé ochorenia. Operačný program Integrovaná infraštruktúra 2014-2020. Bioford.

ITMS: 313011AFG4: Vytvorenie digitálnej biobanky na podporu systémovej verejnej výskumnej infraštruktúry. Digibiobanka.

ITMS 313011V446: Integratívna stratégia v rozvoji personalizovanej medicíny vybraných zhubných nádorových ochorení a jej vplyv na kvalitu života. Operačný program Integrovaná infraštruktúra 2014-2020. Lisper.

ITMS 313011V344: Dlhodobý strategický výskum prevencie, intervencie a mechanizmov obezity a jej komorbidít. Operačný program Integrovaná infraštruktúra 2014 –2020. Obezita.

 

b) Domáce projekty – hlavný riešiteľ:

VEGA 1/0286/22 Komplexná profilácia hormonálne závislých karcinómov žien určujúca skorú diagnostiku, cielenú personalizovanú terapiu a predikciu recidívy ochorenia. Zodp. riešiteľka: doc. RNDr. Danková Zuzana, PhD.

VEGA grant č. 1/0272/19, Využitie cirkulujúcich miRNA ako potenciálnych biomarkerov tehotenských komplikácií, Zodp. riešiteľka: RNDr. Zuzana Kolková, PhD. (Mgr. Andrea Hornáková, PhD.)

 

c) Domáce projekty – spoluriešitelia projektov:

APVV-23-0428: Úloha vaginálneho mikrobiómu a imunitného systému v procese HPV-indukovanej cervikálnej karcinogenézy. Zodp. Riešiteľ: Prof. MUDr. Erik Kúdela, PhD.

APVV-21-0372: Vyvinutie veľkého ortotopického xenotransplantačného živočíšneho modelu (XenoPig) pre modelovanie rakoviny pankreasu. Zodp. riešiteľ: Ing. Ján Strnádel, PhD.

APVV-17-0369: Metylácia DNA ako cieľ epigenetického editovania a jej využitie pri personalizácii diagnostiky a terapie u melanómu uvey. Zodp. riešiteľka: Mgr. Božena Smolková, PhD.

APVV-17-0037: Vývoj nových in vitro modelov pre amyotrofickú sklerózu a testovanie bezpečnosti neutrálnych prekurzorov odvodených z ľudských indukovaných pluripotentných kmeňových buniek, Zodp. riešiteľ: Ing. Ján Strnádel, PhD.

VEGA 1/0145/22 „Úloha nekódujucich RNA pri vzniku a rozvoji veľkej depresívnej poruchy.“ Zodp. riešiteľ: RNDr. Dušan Braný, PhD.

VEGA 1/0269/22, „Štúdium diferenciálnej génovej expresie génov imunity, zápalu a hypoxie pri kolorektálnom karcinóme.“ Zodp. riešiteľka: doc. RNDr. Zora Lasabová, PhD.

VEGA 1/0398/21, „Imunitný systém a vaginálny mikrobióm ako dôležité mediátory v procese cervikálnej karcinogenézy“, Zodp. riešiteľ: doc. MUDr. Erik Kúdela, PhD.

VEGA 1/0310/18: Asociácia medzi včasným nástupom mikrovaskulárnych komplikácií s dysreguláciou hemostázy u detí s diabetes mellitus 1. typu, Zodp. riešiteľka: MUDr. Jarmila Vojtková, PhD.

VEGA 1/0380/18: Analýzy metylovaných DNA sekvencií v plazme ako univerzálneho markera monitorovania relapsu kolorektálneho karcinómu. Zodp. riešiteľka: doc. RNDr. Zora Lasabová, PhD.

Najvýznamnejšie publikácie

Loderer D, Hornáková A, Tobiášová K, Lešková K, Halašová E, Danková Z, Biringer K, Kúdela E, Rokos T, Dzian A, Miklušica J, Mikolajčík P, Smolár M, Plank L, Grendár M. Comparison of next‑generation sequencing quality metrics and concordance in the detection of cancer‑specific molecular alterations between formalin‑fixed paraffin‑embedded and fresh‑frozen samples in comprehensive genomic profiling with the Illumina® TruSight Oncology 500 assay. Exp Ther Med. 2025 Feb 4;29(4):64. doi: 10.3892/etm.2025.12814.

Kolkova Z, Suroviakova S, Grendar M, Havlicekova Z, Hornakova A, Holubekova V, Halasova E, Banovcin P. Altered miRNA expression in duodenal tissue of celiac patients and the impact of a gluten-free diet: a preliminary study. Mol Biol Rep. 2025 Apr 30;52(1):441. doi: 10.1007/s11033-025-10534-y.

Dvorska D, Sebova D, Kajo K, Kapinova A, Svajdlenka E, Goga M, Frenak R, Treml J, Mersakova S, Strnadel J, Mazurakova A, Baranova I, Halasova E, Brozmanova M, Biringer K, Kassayova M, Dankova Z, Smejkal K, Hornak S, Mojzis J, Sadlonova V, Brany D, Kello M, Kubatka P. Chemopreventive and therapeutic effects of Hippophae rhamnoides L. fruit peels evaluated in preclinical models of breast carcinoma. Front Pharmacol. 2025 Apr 30;16:1561436. doi: 10.3389/fphar.2025.1561436. 

Soltysova A, Dvorska D, Ficek A, Pecimonova M, Samec M, Kasubova I, Horvathova Kajabova V, Demkova L, Babal P, Valaskova J, Dankova Z, Smolkova B, Furdova A. Clinical Value of MLPA for Prognostic Assessment of Chromosomal Rearrangements and DNA Methylation in Uveal Melanoma. Invest Ophthalmol Vis Sci. 2025 Mar 3;66(3):51. doi: 10.1167/iovs.66.3.51. 

Golubnitschaja O, Kapinova A, Sargheini N, Bojkova B, Kapalla M, Heinrich L, Gkika E, Kubatka P. Mini-encyclopedia of mitochondria-relevant nutraceuticals protecting health in primary and secondary care-clinically relevant 3PM innovation. EPMA J. 2024 Apr 18;15(2):163-205. doi: 10.1007/s13167-024-00358-4.

Skerenova M, Cibulka M, Dankova Z, Holubekova V, Kolkova Z, Lucansky V, Dvorska D, Kapinova A, Krivosova M, Petras M, Baranovicova E, Baranova I, Novakova E, Liptak P, Banovcin P, Bobcakova A, Rosolanka R, Janickova M, Stanclova A, Gaspar L, Caprnda M, Prosecky R, Labudova M, Gabbasov Z, Rodrigo L, Kruzliak P, Lasabova Z, Matakova T, Halasova E. Host genetic variants associated with COVID-19 reconsidered in a Slovak cohort. Adv Med Sci. 2024 Mar;69(1):198-207. doi: 10.1016/j.advms.2024.03.007.

Vargova D, Kolková Z, Dargaj J, Bris L, Luptak J, Dankova Z, Franova S, Svihra J, Slávik P, Sutovska M. Analysis of HIF-1α expression and genetic polymorphisms in human clear cell renal cell carcinoma. Pathol Oncol Res. 2024 Jan 11;29:1611444. doi: 10.3389/pore.2023.1611444.

Kolkova Z, Durdik P, Holubekova V, Durdikova A, Jesenak M, Banovcin P. Identification of a novel RPGR mutation associated with retinitis pigmentosa and primary ciliary dyskinesia in a Slovak family: a case report. Front Pediatr. 2024 Jan 25;12:1339664. doi: 10.3389/fped.2024.1339664

Baranová I, Samec M, Dvorská D, Šťastný I, Janíková K, Kašubová I, Hornáková A, Lukáčová E, Kapinová A, Biringer K, Halašová E, Danková Z. Droplet digital PCR analysis of CDH13 methylation status in Slovak women with invasive ductal breast cancer. Sci Rep. 2024 Jun 26;14(1):14700. doi: 10.1038/s41598-024-65580-6.

Lucansky V, Samec M, Burjanivova T, Lukacova E, Kolkova Z, Holubekova V, Turyova E, Hornakova A, Zaborsky T, Podlesniy P, Reizigova L, Dankova Z, Novakova E, Pecova R, Calkovska A, Halasova E. Comparison of the methods for isolation and detection of SARS-CoV-2 RNA in municipal wastewater. Front Public Health. 2023 Mar 7;11:1116636. doi: 10.3389/fpubh.2023.1116636.

Rosolanka R, Liptak P, Baranovicova E, Bobcakova A, Vysehradsky R, Duricek M, Kapinova A, Dvorska D, Dankova Z, Simekova K, Lehotsky J, Halasova E, Banovcin P. Changes in the Urine Metabolomic Profile in Patients Recovering from Severe COVID-19. Metabolites. 2023 Feb 28;13(3):364. doi: 10.3390/metabo13030364.

Kapinova A, Mazurakova A, Halasova E, Dankova Z, Büsselberg D, Costigliola V, Golubnitschaja O, Kubatka P. Underexplored reciprocity between genome-wide methylation status and long non-coding RNA expression reflected in breast cancer research: potential impacts for the disease management in the framework of 3P medicine. EPMA J. 2023 May 22;14(2):249-273. doi: 10.1007/s13167-023-00323-7.

Janíková K, Váňová B, Grendár M, Samec M, Loderer D, Kašubová I, Škereňová M, Farkašová A, Scheerová K, Slávik P, Lasabová Z, Danková Z, Strnádel J, Halašová E, Plank L. Small-scale variants and large deletions in BRCA1/2 genes in Slovak high-grade serous ovarian cancer. Pathol Res Pract. 2023 Jun;246:154475. doi: 10.1016/j.prp.2023.154475.

Holubekova V, Loderer D, Grendar M, Mikolajcik P, Kolkova Z, Turyova E, Kudelova E, Kalman M, Marcinek J, Miklusica J, Laca L, Lasabova Z. Differential gene expression of immunity and inflammation genes in colorectal cancer using targeted RNA sequencing. Front Oncol. 2023 Oct 5;13:1206482. doi: 10.3389/fonc.2023.1206482.

Burjanivova T, Lukacova E, Lucansky V, Samec M, Podlesniy P, Kolkova Z, Reizigova L, Grendar M, Turyova E, Holubekova V, Malicherova B, Nosal V, Kasubova I, Dusenka R, Osinova D, Hosalova Matisova J, Dvorska D, Brany D, Dankova Z, Novakova E, Calkovska A, Halasova E. Sensitive SARS-CoV-2 detection, air travel Covid-19 testing, variant determination and fast direct PCR detection, using ddPCR and RT-qPCR methods. Acta Virol. 2023;67(1):3-12. doi: 10.4149/av_2023_101.

Rusňáková D, Sedláčková T, Radvák P, Böhmer M, Mišenko P, Budiš J, Bokorová S, Lipková N, Forgáčová-Jakúbková M, Sládeček T, Sitarčík J, Krampl W, Gažiová M, Kaliňáková A, Staroňová E, Tichá E, Vrábľová T, Ševčíková L, Kotvasová B, Maďarová L, Feiková S, Beňová K, Reizigová L, Onderková Z, Ondrušková D, Loderer D, Škereňová M, Danková Z, Janíková K, Halašová E, Nováková E, Turňa J, Szemes T. Systematic Genomic Surveillance of SARS-CoV-2 Virus on Illumina Sequencing Platforms in the Slovak Republic-One Year Experience. Viruses. 2022 Nov 2;14(11):2432. doi: 10.3390/v14112432.

Zahumenska R, Kalman M, Marcinek J, Mersakova S, Kertys M, Pindura M, Palkoci B, Kycina R, Vojtko M, Chromec T, Dumortier HM, Skovierova H, Novakova S, Mitruskova B, Kapralik I, Loderer D, Grendar M, Brany D, Mokry J, Bouvet M, Valasek MA, Janik J, Plank L, Laca L, Halasova E, Strnadel J. Establishment of PANDA – a new human pancreatic ductal adenocarcinoma cell line with 3D cell culture technology. Neoplasma. 2022 Jan;69(1):165-173. doi: 10.4149/neo_2021_210924N1360.

Liptak P, Baranovicova E, Rosolanka R, Simekova K, Bobcakova A, Vysehradsky R, Duricek M, Dankova Z, Kapinova A, Dvorska D, Halasova E, Banovcin P. Persistence of Metabolomic Changes in Patients during Post-COVID Phase: A Prospective, Observational Study. Metabolites. 2022 Jul 13;12(7):641. doi: 10.3390/metabo12070641.

Kudelova E, Smolar M, Holubekova V, Hornakova A, Dvorska D, Lucansky V, Koklesova L, Kudela E, Kubatka P. Genetic Heterogeneity, Tumor Microenvironment and Immunotherapy in Triple-Negative Breast Cancer. Int J Mol Sci. 2022 Nov 29;23(23):14937. doi: 10.3390/ijms232314937.

Kudelova E, Holubekova V, Grendar M, Kolkova Z, Samec M, Vanova B, Mikolajcik P, Smolar M, Kudela E, Laca L, Lasabova Z. Circulating miRNA expression over the course of colorectal cancer treatment. Oncol Lett. 2022 Jan;23(1):18. doi: 10.3892/ol.2021.13136.

Rokos T, Holubekova V, Kolkova Z, Hornakova A, Pribulova T, Kozubik E, Biringer K, Kudela E. Is the Physiological Composition of the Vaginal Microbiome Altered in High-Risk HPV Infection of the Uterine Cervix? Viruses. 2022 Sep 27;14(10):2130. doi: 10.3390/v14102130.

Holubekova V, Kolkova Z, Kasubova I, Samec M, Mazurakova A, Koklesova L, Kubatka P, Rokos T, Kozubik E, Biringer K, Kudela E. Interaction of cervical microbiome with epigenome of epithelial cells: Significance of inflammation to primary healthcare. Biomol Concepts. 2022 Mar 2;13(1):61-80. doi: 10.1515/bmc-2022-0005.

Stančiaková L, Žolková J, Vadelová Ľ, Hornáková A, Kolková Z, Vážan M, Dobrotová M, Hollý P, Jedináková Z, Grendár M, Bolek T, Samoš M, Biringer K, Danko J, Burjanivová T, Lasabová Z, Kubisz P, Staško J. DNA Polymorphisms in Pregnant Women with Sticky Platelet Syndrome. J Clin Med. 2022 Nov 3;11(21):6532. doi: 10.3390/jcm11216532.

Simurda T, Asselta R, Zolkova J, Brunclikova M, Dobrotova M, Kolkova Z, Loderer D, Skornova I, Hudecek J, Lasabova Z, Stasko J, Kubisz P. Congenital Afibrinogenemia and Hypofibrinogenemia: Laboratory and Genetic Testing in Rare Bleeding Disorders with Life-Threatening Clinical Manifestations and Challenging Management. Diagnostics (Basel). 2021 Nov 19;11(11):2140. doi: 10.3390/diagnostics11112140.

Dankova Z, Novakova E, Skerenova M, Holubekova V, Lucansky V, Dvorska D, Brany D, Kolkova Z, Strnadel J, Mersakova S, Janikova K, Samec M, Pokusa M, Petras M, Sarlinova M, Kasubova I, Loderer D, Sadlonova V, Kompanikova J, Kotlebova N, Kompanikova A, Hrnciarova M, Stanclova A, Antosova M, Dzian A, Nosal V, Kocan I, Murgas D, Krkoska D, Calkovska A, Halasova E. Comparison of SARS-CoV-2 Detection by Rapid Antigen and by Three Commercial RT-qPCR Tests: A Study from Martin University Hospital in Slovakia. Int J Environ Res Public Health. 2021 Jul 1;18(13):7037. doi: 10.3390/ijerph18137037.

Vojtková J, Kolková Z, Motyková K, Kostková M, Suroviaková S, Grendár M, Bánovčin P. An association between fibrinogen gene polymorphisms and diabetic peripheral neuropathy in young patients with type 1 diabetes. Mol Biol Rep. 2021 May;48(5):4397-4404. doi: 10.1007/s11033-021-06455-1.

Kolkova Z, Holubekova V, Grendar M, Nachajova M, Zubor P, Pribulova T, Loderer D, Zigo I, Biringer K, Hornakova A. Association of Circulating miRNA Expression with Preeclampsia, Its Onset, and Severity. Diagnostics (Basel). 2021 Mar 8;11(3):476. doi: 10.3390/diagnostics11030476.

Janíková K, Váňová B, Grendár M, Samec M, Líšková A, Loderer D, Kašubová I, Farkašová A, Scheerova K, Slávik P, Lasabová Z, Danková Z, Plank L. High-grade serous ovarian carcinoma and detection of inactivated BRCA genes from biopsy material of Slovak patients. Neoplasma. 2021 Sep;68(5):1107-1112. doi: 10.4149/neo_2021_210226N256.

Mikolajcik P, Lasabova Z, Loderer D, Grendar M, Kalman M, Kasubova I, Lucansky V, Wiederhold AJ, Marcinek J, Burjanivova T, Kudelova E, Vojtko M, Svec A, Plank L, Janik J, Laca L. Detection of therapeutically relevant and concomitant rare somatic variants in colorectal cancer. Neoplasma. 2021 Nov;68(6):1331-1340. doi: 10.4149/neo_2021_210616N804.

Brndiarova M, Mraz M, Kolkova Z, Cisarik F, Banovcin P. Sensenbrenner Syndrome Presenting with Severe Anorexia, Failure to Thrive, Chronic Kidney Disease and Angel-Shaped Middle Phalanges in Two Siblings. Mol Syndromol. 2021 Jul;12(4):263-267. doi: 10.1159/000515645.

Jašek K, Grendár M, Štanclová A, Malicherová B, Kašubová I, Burjanivová T, Szépe P, Ciccocioppo R, Rodrigo L, Prosecký R, Kružliak P, Plank L, Lasabová Z. Prevalence and significance of M541L singlenucleotide polymorphism in the central European cohort of gastrointestinal stromal tumor patients. Journal of cancer research and clinical oncology. Roč. 147, č. 4 (2021), s. 1203-1215.

Simurda T, Zolkova J, Kolkova Z, Loderer D, Dobrotova M, Skornova I, Brunclíkova M, Grendar M, Lasabova Z, Stasko J, Kubisz P. Comparison of clinical phenotype with genetic and laboratory results in 31 patients with congenital dysfibrinogenemia in northern Slovakia. Int J Hematol. 2020 Jun;111(6):795-802. doi: 10.1007/s12185-020-02842-9.

Simurda T, Caccia S, Asselta R, Zolkova J, Stasko J, Skornova I, Snahnicanova Z, Loderer D, Lasabova Z, Kubisz P. Congenital hypofibrinogenemia associated with a novel heterozygous nonsense mutation in the globular C-terminal domain of the γ-chain (p.Glu275Stop). J Thromb Thrombolysis. 2020 Jul;50(1):233-236. doi: 10.1007/s11239-019-01991-x.

Zolkova J, Sokol J, Simurda T, Vadelova L, Snahnicanova Z, Loderer D, Dobrotova M, Ivankova J, Skornova I, Lasabova Z, Kubisz P, Stasko J. Genetic Background of von Willebrand Disease: History, Current State, and Future Perspectives. Semin Thromb Hemost. 2020 Jun;46(4):484-500. doi: 10.1055/s-0039-3402430.

Bystricky P, Kasubova I, Richterova R, Lasabova Z, Kolarovszki B. Quantitative analysis of 2-hydroxyglutarate as a controversial oncometabolite in malignant gliomas. Neoplasma. 2020 Nov;67(6):1367-1372. doi: 10.4149/neo_2020_200302N216.

Jašek K, Váňová B, Grendár M, Štanclová A, Szépe P, Hornáková A, Holubeková V, Plank L, Lasabová Z. BRAF mutations in KIT/PDGFRA positive gastrointestinal stromal tumours (GISTs): Is their frequency underestimated? Pathol Res Pract. 2020 Nov;216(11):153171. doi: 10.1016/j.prp.2020.153171.

Snahnicanova Z, Kasubova I, Kalman M, Grendar M, Mikolajcik P, Gabonova E, Laca L, Caprnda M, Rodrigo L, Ciccocioppo R, Kruzliak P, Plank L, Lasabova Z. Genetic and epigenetic analysis of the beta-2-microglobulin gene in microsatellite instable colorectal cancer. Clin Exp Med. 2020 Feb;20(1):87-95. doi: 10.1007/s10238-019-00601-7.

Holubekova V, Kolkova Z, Grendar M, Brany D, Dvorska D, Stastny I, Jagelkova M, Zelinova K, Samec M, Liskova A, Laucekova Z, Kudela E, Bobrovska M, Kalman M, Zubor P, Dankova Z. Pathway Analysis of Selected Circulating miRNAs in Plasma of Breast Cancer Patients: A Preliminary Study. Int J Mol Sci. 2020 Oct 2;21(19):7288. doi: 10.3390/ijms21197288.

Simurda T, Vilar R, Zolkova J, Ceznerova E, Kolkova Z, Loderer D, Neerman-Arbez M, Casini A, Brunclikova M, Skornova I, Dobrotova M, Grendar M, Stasko J, Kubisz P. A Novel Nonsense Mutation in FGB (c.1421G>A; p.Trp474Ter) in the Beta Chain of Fibrinogen Causing Hypofibrinogenemia with Bleeding Phenotype. Biomedicines. 2020 Dec 13;8(12):605. doi: 10.3390/biomedicines8120605. PMID: 33322159; PMCID: PMC7763967.

Holubekova V, Mersakova S, Grendar M, Snahnicanova Z, Kudela E, Kalman M, Lasabova Z, Danko J, Zubor P. The Role of CADM1 and MAL Promoter Methylation in Inflammation and Cervical Intraepithelial Neoplasia. Genet Test Mol Biomarkers. 2020;24(5):256-263. doi: 10.1089/gtmb.2019.0188.

Potrebujete poradiť? Neváhajte kontaktovať náš tím.

Výsledkom projektu BioMed Martin, financovaného z EÚ, je prevratné výskumné centrum, ktoré vyvíja nové diagnostické a terapeutické metódy a súčasne posilňuje spoluprácu medzi mestom Martin a Žilinským krajom na Slovensku.

Dôležité odkazy

Kde nás nájdete?

  • Jesseniova lekárska fakulta UK v Martine - Martinské centrum pre biomedicínu
  • Malá hora 4, 036 01 Martin

Kontaktné údaje

  • Martinské centrum pre biomedicínu (BioMed Martin)
  • info@biomedmartin.sk
  • +421 999 888 176

Laboratories:

Zoznam laboratórií :