Videoprehliadka
Pozrite si videoprehliadku nášho Laboratória genomiky a prenatálnej diagnostiky.
Laboratórium sa zameriava na široké spektrum genetických a epigenetických analýz. V portfóliu má nielen štandardné molekulárno-genetické metódy, ale aj modernejšiu microarray technológiu a masívne paralelné sekvenovanie, tzv. NGS.
Okrem základných, vedecky orientovaných výskumných aktivít, laboratórium intenzívne participuje aj na implementácii personalizovanej, prediktívnej a preventívnej medicíny do klinickej praxe.
V úzkej spolupráci s Univerzitnou nemocnicou Martin sa venuje predovšetkým determinantom onkologických, kardiovaskulárnych a hematologických ochorení.
Zároveň ponúka aj moderné a verejnosťou obľúbené neinvazívne testovanie plodu z krvi matky.
Laboratórium už viac ako päť rokov využíva najmodernejšie sekvenátory od firmy Illumina (NextSeq, MiSeq a HiSeq). Na našom pracovisku sa venujeme predovšetkým celogenómovému sekvenovaniu, cielenému resekvenovaniu založenom na PCR prístupe, ako aj na hybridnom zachytávaní cieľových fragmentov.
Prístroje umožňujú aj iné aplikácie ako RNA sekvenovanie – stanovenie expresného profilu, sekvenovanie malých nekódujúcich RNA a iné.
Vďaka spolupráci s Ústavom molekulovej biológie a genomiky JLF UK môže naše laboratórium realizovať rozmanité DNA a RNA analýzy metódami ddPCR, Sangerovým sekvenovaním, HRM, TagMan, RT PCR a iné.
Pozrite si videoprehliadku nášho Laboratória genomiky a prenatálnej diagnostiky.
Laboratórium využíva viaceré prístrojové vybavenie Ústavu molekulovej biológie a genomiky JLF UK. Táto spolupráca vytvorila moderné a špičkové prístrojové portfólio, ktoré umožňuje výber čo najvhodnejšej metódy podľa potrieb výskumu a požadovaných analýz.
Hlavné prístroje: MiSeq (Illumina), NextSeq Dx (Illumina), SureScan Dx Microarray Scanner (Agilent), Droplet Digital PCR System (Bio-Rad), PyroMark Q96 ID (Qiagen), LightCycler 480 II (Roche), 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems), Q-Tower3 G (Analytik Jena), TOne (Analytik Jena), Bioanalyser 2100 (Agilent), QSep 100 (BiOptic), Qubit 4 fluorometer (Thermo Fisher Scientific), NanoDropTM OneC Microvolume UV-Vis Spectrophotometers (Thermo Scientific) a iné.
Predstavujeme vám virtuálnu prehliadku nášho moderného Laboratória genomiky a prenatálnej diagnostiky.
ITMS 313011AUA4: Nové možnosti laboratórnej diagnostiky a masívneho skríningu SARS-Cov-2 a identifikácia mechanizmov správania sa vírusu v ľudskom organizme. Operačný program Integrovaná infraštruktúra. CovLab.
ITMS 310031AMR7: Ministerstvom zdravotníctva SR riadený manažment mimoriadnych udalostí súvisiacich s COVID-19. Operačný program: Kvalita životného prostredia 2014 – 2020.
ITMS: 313011AFG5: Systémová verejná výskumná infraštruktúra – biobanka pre nádorové a zriedkavé ochorenia. Operačný program Integrovaná infraštruktúra 2014-2020. Bioford.
ITMS: 313011AFG4: Vytvorenie digitálnej biobanky na podporu systémovej verejnej výskumnej infraštruktúry. Digibiobanka.
ITMS 313011V446: Integratívna stratégia v rozvoji personalizovanej medicíny vybraných zhubných nádorových ochorení a jej vplyv na kvalitu života. Operačný program Integrovaná infraštruktúra 2014-2020. Lisper.
ITMS 313011V344: Dlhodobý strategický výskum prevencie, intervencie a mechanizmov obezity a jej komorbidít. Operačný program Integrovaná infraštruktúra 2014 –2020. Obezita.
VEGA1/0286/22: Komplexná profilácia hormonálne závislých karcinómov žien určujúca skorú diagnostiku, cielenú personalizovanú terapiu a predikciu recidívy ochorenia.
(Zodp. riešiteľ: doc. RNDr. Zuzana Danková, PhD.)
VEGA 1/0261/22: Príprava molekulových nástrojov umožňujúcich sledovanie časovo-priestorovej dynamiky vstupu SARS-CoV-2 do bunky pomocou 3D mikroskopie s vysokým rozlíšením a v reálnom čase.
(Zodp. riešiteľ: RNDr. Vincent Lučanský, PhD.)
SPOLURIEŠITEĽSKÉ PROJEKTY:
APVV-21-0372: Vyvinutie veľkého ortotopického xenotransplantačného živočíšneho modelu (XenoPig) pre modelovanie rakoviny pankreasu.
(Zodp. riešiteľ: Ing. Ján Strnádel, PhD.)
APVV-17-0369: Metylácia DNA ako cieľ epigenetického editovania a jej využitie pri personalizácii diagnostiky a terapie u melanómu uvey.
(Zodp. riešiteľka: Mgr. Božena Smolková, PhD.)
VEGA 1/0310/18: Asociácia medzi včasným nástupom mikrovaskulárnych komplikácií s dysreguláciou hemostázy u detí s diabetes mellitus 1. typu.
(Zodp. riešiteľka: MUDr. Jarmila Vojtková, PhD.)
VEGA 1/0380/18: Analýzy metylovaných DNA sekvencií v plazme ako univerzálneho markera monitorovania relapsu kolorektálneho karcinómu.
(Zodp. riešiteľka: doc. RNDr. Zora Lasabová, PhD.)
Loderer D, Hornáková A, Tobiášová K, Lešková K, Halašová E, Danková Z, Biringer K, Kúdela E, Rokos T, Dzian A, Miklušica J, Mikolajčík P, Smolár M, Plank L, Grendár M. Comparison of next‑generation sequencing quality metrics and concordance in the detection of cancer‑specific molecular alterations between formalin‑fixed paraffin‑embedded and fresh‑frozen samples in comprehensive genomic profiling with the Illumina® TruSight Oncology 500 assay. Exp Ther Med. 2025 Feb 4;29(4):64. doi: 10.3892/etm.2025.12814.
Kolkova Z, Suroviakova S, Grendar M, Havlicekova Z, Hornakova A, Holubekova V, Halasova E, Banovcin P. Altered miRNA expression in duodenal tissue of celiac patients and the impact of a gluten-free diet: a preliminary study. Mol Biol Rep. 2025 Apr 30;52(1):441. doi: 10.1007/s11033-025-10534-y.
Dvorska D, Sebova D, Kajo K, Kapinova A, Svajdlenka E, Goga M, Frenak R, Treml J, Mersakova S, Strnadel J, Mazurakova A, Baranova I, Halasova E, Brozmanova M, Biringer K, Kassayova M, Dankova Z, Smejkal K, Hornak S, Mojzis J, Sadlonova V, Brany D, Kello M, Kubatka P. Chemopreventive and therapeutic effects of Hippophae rhamnoides L. fruit peels evaluated in preclinical models of breast carcinoma. Front Pharmacol. 2025 Apr 30;16:1561436. doi: 10.3389/fphar.2025.1561436.
Soltysova A, Dvorska D, Ficek A, Pecimonova M, Samec M, Kasubova I, Horvathova Kajabova V, Demkova L, Babal P, Valaskova J, Dankova Z, Smolkova B, Furdova A. Clinical Value of MLPA for Prognostic Assessment of Chromosomal Rearrangements and DNA Methylation in Uveal Melanoma. Invest Ophthalmol Vis Sci. 2025 Mar 3;66(3):51. doi: 10.1167/iovs.66.3.51.
Golubnitschaja O, Kapinova A, Sargheini N, Bojkova B, Kapalla M, Heinrich L, Gkika E, Kubatka P. Mini-encyclopedia of mitochondria-relevant nutraceuticals protecting health in primary and secondary care-clinically relevant 3PM innovation. EPMA J. 2024 Apr 18;15(2):163-205. doi: 10.1007/s13167-024-00358-4.
Skerenova M, Cibulka M, Dankova Z, Holubekova V, Kolkova Z, Lucansky V, Dvorska D, Kapinova A, Krivosova M, Petras M, Baranovicova E, Baranova I, Novakova E, Liptak P, Banovcin P, Bobcakova A, Rosolanka R, Janickova M, Stanclova A, Gaspar L, Caprnda M, Prosecky R, Labudova M, Gabbasov Z, Rodrigo L, Kruzliak P, Lasabova Z, Matakova T, Halasova E. Host genetic variants associated with COVID-19 reconsidered in a Slovak cohort. Adv Med Sci. 2024 Mar;69(1):198-207. doi: 10.1016/j.advms.2024.03.007.
Vargova D, Kolková Z, Dargaj J, Bris L, Luptak J, Dankova Z, Franova S, Svihra J, Slávik P, Sutovska M. Analysis of HIF-1α expression and genetic polymorphisms in human clear cell renal cell carcinoma. Pathol Oncol Res. 2024 Jan 11;29:1611444. doi: 10.3389/pore.2023.1611444.
Kolkova Z, Durdik P, Holubekova V, Durdikova A, Jesenak M, Banovcin P. Identification of a novel RPGR mutation associated with retinitis pigmentosa and primary ciliary dyskinesia in a Slovak family: a case report. Front Pediatr. 2024 Jan 25;12:1339664. doi: 10.3389/fped.2024.1339664
Baranová I, Samec M, Dvorská D, Šťastný I, Janíková K, Kašubová I, Hornáková A, Lukáčová E, Kapinová A, Biringer K, Halašová E, Danková Z. Droplet digital PCR analysis of CDH13 methylation status in Slovak women with invasive ductal breast cancer. Sci Rep. 2024 Jun 26;14(1):14700. doi: 10.1038/s41598-024-65580-6.
Lucansky V, Samec M, Burjanivova T, Lukacova E, Kolkova Z, Holubekova V, Turyova E, Hornakova A, Zaborsky T, Podlesniy P, Reizigova L, Dankova Z, Novakova E, Pecova R, Calkovska A, Halasova E. Comparison of the methods for isolation and detection of SARS-CoV-2 RNA in municipal wastewater. Front Public Health. 2023 Mar 7;11:1116636. doi: 10.3389/fpubh.2023.1116636.
Rosolanka R, Liptak P, Baranovicova E, Bobcakova A, Vysehradsky R, Duricek M, Kapinova A, Dvorska D, Dankova Z, Simekova K, Lehotsky J, Halasova E, Banovcin P. Changes in the Urine Metabolomic Profile in Patients Recovering from Severe COVID-19. Metabolites. 2023 Feb 28;13(3):364. doi: 10.3390/metabo13030364.
Kapinova A, Mazurakova A, Halasova E, Dankova Z, Büsselberg D, Costigliola V, Golubnitschaja O, Kubatka P. Underexplored reciprocity between genome-wide methylation status and long non-coding RNA expression reflected in breast cancer research: potential impacts for the disease management in the framework of 3P medicine. EPMA J. 2023 May 22;14(2):249-273. doi: 10.1007/s13167-023-00323-7.
Janíková K, Váňová B, Grendár M, Samec M, Loderer D, Kašubová I, Škereňová M, Farkašová A, Scheerová K, Slávik P, Lasabová Z, Danková Z, Strnádel J, Halašová E, Plank L. Small-scale variants and large deletions in BRCA1/2 genes in Slovak high-grade serous ovarian cancer. Pathol Res Pract. 2023 Jun;246:154475. doi: 10.1016/j.prp.2023.154475.
Holubekova V, Loderer D, Grendar M, Mikolajcik P, Kolkova Z, Turyova E, Kudelova E, Kalman M, Marcinek J, Miklusica J, Laca L, Lasabova Z. Differential gene expression of immunity and inflammation genes in colorectal cancer using targeted RNA sequencing. Front Oncol. 2023 Oct 5;13:1206482. doi: 10.3389/fonc.2023.1206482.
Burjanivova T, Lukacova E, Lucansky V, Samec M, Podlesniy P, Kolkova Z, Reizigova L, Grendar M, Turyova E, Holubekova V, Malicherova B, Nosal V, Kasubova I, Dusenka R, Osinova D, Hosalova Matisova J, Dvorska D, Brany D, Dankova Z, Novakova E, Calkovska A, Halasova E. Sensitive SARS-CoV-2 detection, air travel Covid-19 testing, variant determination and fast direct PCR detection, using ddPCR and RT-qPCR methods. Acta Virol. 2023;67(1):3-12. doi: 10.4149/av_2023_101.
Rusňáková D, Sedláčková T, Radvák P, Böhmer M, Mišenko P, Budiš J, Bokorová S, Lipková N, Forgáčová-Jakúbková M, Sládeček T, Sitarčík J, Krampl W, Gažiová M, Kaliňáková A, Staroňová E, Tichá E, Vrábľová T, Ševčíková L, Kotvasová B, Maďarová L, Feiková S, Beňová K, Reizigová L, Onderková Z, Ondrušková D, Loderer D, Škereňová M, Danková Z, Janíková K, Halašová E, Nováková E, Turňa J, Szemes T. Systematic Genomic Surveillance of SARS-CoV-2 Virus on Illumina Sequencing Platforms in the Slovak Republic-One Year Experience. Viruses. 2022 Nov 2;14(11):2432. doi: 10.3390/v14112432.
Zahumenska R, Kalman M, Marcinek J, Mersakova S, Kertys M, Pindura M, Palkoci B, Kycina R, Vojtko M, Chromec T, Dumortier HM, Skovierova H, Novakova S, Mitruskova B, Kapralik I, Loderer D, Grendar M, Brany D, Mokry J, Bouvet M, Valasek MA, Janik J, Plank L, Laca L, Halasova E, Strnadel J. Establishment of PANDA – a new human pancreatic ductal adenocarcinoma cell line with 3D cell culture technology. Neoplasma. 2022 Jan;69(1):165-173. doi: 10.4149/neo_2021_210924N1360.
Liptak P, Baranovicova E, Rosolanka R, Simekova K, Bobcakova A, Vysehradsky R, Duricek M, Dankova Z, Kapinova A, Dvorska D, Halasova E, Banovcin P. Persistence of Metabolomic Changes in Patients during Post-COVID Phase: A Prospective, Observational Study. Metabolites. 2022 Jul 13;12(7):641. doi: 10.3390/metabo12070641.
Kudelova E, Smolar M, Holubekova V, Hornakova A, Dvorska D, Lucansky V, Koklesova L, Kudela E, Kubatka P. Genetic Heterogeneity, Tumor Microenvironment and Immunotherapy in Triple-Negative Breast Cancer. Int J Mol Sci. 2022 Nov 29;23(23):14937. doi: 10.3390/ijms232314937.
Kudelova E, Holubekova V, Grendar M, Kolkova Z, Samec M, Vanova B, Mikolajcik P, Smolar M, Kudela E, Laca L, Lasabova Z. Circulating miRNA expression over the course of colorectal cancer treatment. Oncol Lett. 2022 Jan;23(1):18. doi: 10.3892/ol.2021.13136.
Rokos T, Holubekova V, Kolkova Z, Hornakova A, Pribulova T, Kozubik E, Biringer K, Kudela E. Is the Physiological Composition of the Vaginal Microbiome Altered in High-Risk HPV Infection of the Uterine Cervix? Viruses. 2022 Sep 27;14(10):2130. doi: 10.3390/v14102130.
Holubekova V, Kolkova Z, Kasubova I, Samec M, Mazurakova A, Koklesova L, Kubatka P, Rokos T, Kozubik E, Biringer K, Kudela E. Interaction of cervical microbiome with epigenome of epithelial cells: Significance of inflammation to primary healthcare. Biomol Concepts. 2022 Mar 2;13(1):61-80. doi: 10.1515/bmc-2022-0005.
Stančiaková L, Žolková J, Vadelová Ľ, Hornáková A, Kolková Z, Vážan M, Dobrotová M, Hollý P, Jedináková Z, Grendár M, Bolek T, Samoš M, Biringer K, Danko J, Burjanivová T, Lasabová Z, Kubisz P, Staško J. DNA Polymorphisms in Pregnant Women with Sticky Platelet Syndrome. J Clin Med. 2022 Nov 3;11(21):6532. doi: 10.3390/jcm11216532.
Simurda T, Asselta R, Zolkova J, Brunclikova M, Dobrotova M, Kolkova Z, Loderer D, Skornova I, Hudecek J, Lasabova Z, Stasko J, Kubisz P. Congenital Afibrinogenemia and Hypofibrinogenemia: Laboratory and Genetic Testing in Rare Bleeding Disorders with Life-Threatening Clinical Manifestations and Challenging Management. Diagnostics (Basel). 2021 Nov 19;11(11):2140. doi: 10.3390/diagnostics11112140.
Dankova Z, Novakova E, Skerenova M, Holubekova V, Lucansky V, Dvorska D, Brany D, Kolkova Z, Strnadel J, Mersakova S, Janikova K, Samec M, Pokusa M, Petras M, Sarlinova M, Kasubova I, Loderer D, Sadlonova V, Kompanikova J, Kotlebova N, Kompanikova A, Hrnciarova M, Stanclova A, Antosova M, Dzian A, Nosal V, Kocan I, Murgas D, Krkoska D, Calkovska A, Halasova E. Comparison of SARS-CoV-2 Detection by Rapid Antigen and by Three Commercial RT-qPCR Tests: A Study from Martin University Hospital in Slovakia. Int J Environ Res Public Health. 2021 Jul 1;18(13):7037. doi: 10.3390/ijerph18137037.
Vojtková J, Kolková Z, Motyková K, Kostková M, Suroviaková S, Grendár M, Bánovčin P. An association between fibrinogen gene polymorphisms and diabetic peripheral neuropathy in young patients with type 1 diabetes. Mol Biol Rep. 2021 May;48(5):4397-4404. doi: 10.1007/s11033-021-06455-1.
Kolkova Z, Holubekova V, Grendar M, Nachajova M, Zubor P, Pribulova T, Loderer D, Zigo I, Biringer K, Hornakova A. Association of Circulating miRNA Expression with Preeclampsia, Its Onset, and Severity. Diagnostics (Basel). 2021 Mar 8;11(3):476. doi: 10.3390/diagnostics11030476.
Janíková K, Váňová B, Grendár M, Samec M, Líšková A, Loderer D, Kašubová I, Farkašová A, Scheerova K, Slávik P, Lasabová Z, Danková Z, Plank L. High-grade serous ovarian carcinoma and detection of inactivated BRCA genes from biopsy material of Slovak patients. Neoplasma. 2021 Sep;68(5):1107-1112. doi: 10.4149/neo_2021_210226N256.
Mikolajcik P, Lasabova Z, Loderer D, Grendar M, Kalman M, Kasubova I, Lucansky V, Wiederhold AJ, Marcinek J, Burjanivova T, Kudelova E, Vojtko M, Svec A, Plank L, Janik J, Laca L. Detection of therapeutically relevant and concomitant rare somatic variants in colorectal cancer. Neoplasma. 2021 Nov;68(6):1331-1340. doi: 10.4149/neo_2021_210616N804.
Brndiarova M, Mraz M, Kolkova Z, Cisarik F, Banovcin P. Sensenbrenner Syndrome Presenting with Severe Anorexia, Failure to Thrive, Chronic Kidney Disease and Angel-Shaped Middle Phalanges in Two Siblings. Mol Syndromol. 2021 Jul;12(4):263-267. doi: 10.1159/000515645.
Jašek K, Grendár M, Štanclová A, Malicherová B, Kašubová I, Burjanivová T, Szépe P, Ciccocioppo R, Rodrigo L, Prosecký R, Kružliak P, Plank L, Lasabová Z. Prevalence and significance of M541L singlenucleotide polymorphism in the central European cohort of gastrointestinal stromal tumor patients. Journal of cancer research and clinical oncology. Roč. 147, č. 4 (2021), s. 1203-1215.
Simurda T, Zolkova J, Kolkova Z, Loderer D, Dobrotova M, Skornova I, Brunclíkova M, Grendar M, Lasabova Z, Stasko J, Kubisz P. Comparison of clinical phenotype with genetic and laboratory results in 31 patients with congenital dysfibrinogenemia in northern Slovakia. Int J Hematol. 2020 Jun;111(6):795-802. doi: 10.1007/s12185-020-02842-9.
Simurda T, Caccia S, Asselta R, Zolkova J, Stasko J, Skornova I, Snahnicanova Z, Loderer D, Lasabova Z, Kubisz P. Congenital hypofibrinogenemia associated with a novel heterozygous nonsense mutation in the globular C-terminal domain of the γ-chain (p.Glu275Stop). J Thromb Thrombolysis. 2020 Jul;50(1):233-236. doi: 10.1007/s11239-019-01991-x.
Zolkova J, Sokol J, Simurda T, Vadelova L, Snahnicanova Z, Loderer D, Dobrotova M, Ivankova J, Skornova I, Lasabova Z, Kubisz P, Stasko J. Genetic Background of von Willebrand Disease: History, Current State, and Future Perspectives. Semin Thromb Hemost. 2020 Jun;46(4):484-500. doi: 10.1055/s-0039-3402430.
Bystricky P, Kasubova I, Richterova R, Lasabova Z, Kolarovszki B. Quantitative analysis of 2-hydroxyglutarate as a controversial oncometabolite in malignant gliomas. Neoplasma. 2020 Nov;67(6):1367-1372. doi: 10.4149/neo_2020_200302N216.
Jašek K, Váňová B, Grendár M, Štanclová A, Szépe P, Hornáková A, Holubeková V, Plank L, Lasabová Z. BRAF mutations in KIT/PDGFRA positive gastrointestinal stromal tumours (GISTs): Is their frequency underestimated? Pathol Res Pract. 2020 Nov;216(11):153171. doi: 10.1016/j.prp.2020.153171.
Snahnicanova Z, Kasubova I, Kalman M, Grendar M, Mikolajcik P, Gabonova E, Laca L, Caprnda M, Rodrigo L, Ciccocioppo R, Kruzliak P, Plank L, Lasabova Z. Genetic and epigenetic analysis of the beta-2-microglobulin gene in microsatellite instable colorectal cancer. Clin Exp Med. 2020 Feb;20(1):87-95. doi: 10.1007/s10238-019-00601-7.
Holubekova V, Kolkova Z, Grendar M, Brany D, Dvorska D, Stastny I, Jagelkova M, Zelinova K, Samec M, Liskova A, Laucekova Z, Kudela E, Bobrovska M, Kalman M, Zubor P, Dankova Z. Pathway Analysis of Selected Circulating miRNAs in Plasma of Breast Cancer Patients: A Preliminary Study. Int J Mol Sci. 2020 Oct 2;21(19):7288. doi: 10.3390/ijms21197288.
Simurda T, Vilar R, Zolkova J, Ceznerova E, Kolkova Z, Loderer D, Neerman-Arbez M, Casini A, Brunclikova M, Skornova I, Dobrotova M, Grendar M, Stasko J, Kubisz P. A Novel Nonsense Mutation in FGB (c.1421G>A; p.Trp474Ter) in the Beta Chain of Fibrinogen Causing Hypofibrinogenemia with Bleeding Phenotype. Biomedicines. 2020 Dec 13;8(12):605. doi: 10.3390/biomedicines8120605. PMID: 33322159; PMCID: PMC7763967.
Holubekova V, Mersakova S, Grendar M, Snahnicanova Z, Kudela E, Kalman M, Lasabova Z, Danko J, Zubor P. The Role of CADM1 and MAL Promoter Methylation in Inflammation and Cervical Intraepithelial Neoplasia. Genet Test Mol Biomarkers. 2020;24(5):256-263. doi: 10.1089/gtmb.2019.0188.
Výsledkom projektu BioMed Martin, financovaného z EÚ, je prevratné výskumné centrum, ktoré vyvíja nové diagnostické a terapeutické metódy a súčasne posilňuje spoluprácu medzi mestom Martin a Žilinským krajom na Slovensku.